有沒有營養這件事，如果以蔬菜的維生素含量多寡為考量的話，根據《日本食品標準成分表》，近50年所有蔬菜所含有的維生素皆有明顯大幅度下降（注１）；如果以蔬菜的維生素種類多寡而言，植物本身便會自行合成維生素（注２），因此決定合成含量多寡是以植物的生長狀況而定。因此有營養的蔬菜應該是要給予植物適合的生長環境。
目前為了提高產量，人為的補充土地無法給予的充足養分而大量施肥，間接導致過度依賴肥料（注３）。目前的肥料總共分為兩種：有機肥料、化學肥料。有機肥料的優點在於養分較多元、不易破壞土質，缺點是養分濃度較低、見效緩慢；化學肥料的優點在於養分濃度高、見效快速，缺點是養分較單一、容易流失、破壞土質、性質較烈（注４）。從結果可歸納，有機肥的特點在於豐富的微量元素，化學肥的特點在於高濃度的巨量元素，因此要製造一個好的肥料必須要有多元且適度濃度的養分。
現階段的問題在於，如何有效的找到針對每種植物的合適肥料配比以外，更需要找到水耕與土耕的平衡。目前現有的植物工廠對於水耕的做法，皆是以肥料的觀念為基礎去製造營養液，但卻忽略原本在土壤中「非養分」的物質相互作用，例如微生物與菌物。
如果今天有人能以土壤的觀念去製造植物用營養液，那水耕與土耕的界線將被重新定義，而提倡自然農法的張孝安則對此發明了仿生農業設施，以期能解決植物工廠與傳統農業的代溝。
<※相關資料來源>
注１：
https://kknews.cc/health/ejg2r2q.html
http://big5.www.gov.cn/gate/big5/www.gov.cn/fwxx/kp/2012-08/28/content_2211993.htm#
注２：
https://tw.answers.yahoo.com/question/index?qid=20050430000011KK06047
注３：
https://kknews.cc/zh-mo/agriculture/yr36z5n.html
注４：